El Juticalpa Fútbol Club fue fundado oficialmente el 14 de agosto de 2004.
A partir de ese entonces el club participó de la Liga de Ascenso de Honduras sin tener ninguna promoción a la Liga Nacional de Fútbol de Honduras hasta 2015.
En el Torneo Clausura 2015 vuelve a quedar primero de su grupo. En cuartos de final de liguilla se enfrenta al Villanueva F. C., ganando sus partidos 2-4 y 2-0 (6-2 global).
En semifinales se enfrenta al Atlético Limeño, equipo que había terminado primero en su grupo. El primera partido que se jugó en La Lima lo empatan 1-1, pero luego en Juticalpa lo aplastan 6-1 (7-2 global).
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En la final enfrentan al Atlético Independiente de Siguatepeque. En el primer partido jugado en Siguatepeque, los juticalpenses ganan el partido 3-4 luego de remontar un 2-0 en contra.
En la vuelta jugada de nuevo en la cancha sintética Ramón Sarmiento, el Juticalpa F. C. gana el partido 1-0, ganando la final (5-3 global) y coronándose bicampeones.
En su primer partido en Primera División le gana al Real España por 2-0 en el Estadio Juan Ramón Brevé Vargas, el 9 de agosto de 2015, con autogol de Wilfredo Barahona y Juan José Ocampo.
En su siguiente torneo, dirigidos por Wilmer Cruz en la mayor parte, consiguieron un histórico quinto puesto con 28 puntos, lo que significaría que clasificaría a liguilla por primera vez en su historia.
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Juticalpa FC fue campeón Copa Presidente 2016 venciendo en la final al Real España, mientras también fue campeón de reservas con José María «Chema» Durón.
En 2019 descendió al ir a una triangular por no descenso junto a Real de Minas y Honduras Progreso, finalmente se fueron a la Liga de Ascenso al perder contra Real de Minas en el estadio Marcelo Tinoco de Danlí en 2019, pero regresaron en 2024 al ganar el campeonísimo ante Lone FC. (GG)